Nhận hóa đơn đầu vào: 7 bước kiểm tra trước khi đưa vào khấu trừ GTGT

Cập nhật ngày 06/10/2026: bổ sung mục chứng từ thanh toán cho hóa đơn đầu vào từ 05 triệu đồng và các trường hợp phải có hợp đồng bằng văn bản.

Mỗi tháng kế toán doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ đều gặp cùng một tình huống: thư mục “hóa đơn đầu vào” đầy bản thể hiện, ảnh chụp, tệp XML… nhưng không phải tệp nào cũng đủ điều kiện để đưa vào khấu trừ thuế GTGT. Bài viết này chia sẻ cách làm thực tế để bạn giảm rủi ro trước khi nhấn nút kê khai.

Hộ kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên doanh thu, không áp dụng phương pháp khấu trừ (Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 Điều 11 khoản 2, Điều 12 khoản 2 điểm a), nên không khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Hóa đơn mua của hộ kinh doanh là hóa đơn bán hàng, không phải hóa đơn giá trị gia tăng, nên bên mua cũng không có thuế giá trị gia tăng đầu vào để khấu trừ từ các hóa đơn này (Luật 48/2024/QH15 Điều 14 khoản 2 điểm a; Nghị định 254/2026/NĐ-CP Điều 8). Với các hóa đơn đó, việc cần kiểm là điều kiện tính vào chi phí được trừ: khoản chi phải có đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định (Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15 Điều 9 khoản 1 điểm c).

Sản phẩm: Pinance bao quát phát hành + quản lý HĐĐT. Bài này nói về nhận và kiểm tra đầu vào — trọng tâm quản trị mua vào trên Pinance; khi bạn là bên bán thì phát hành đầu ra cũng nằm trong Pinance (hoặc phần Pinvoice).

Khấu trừ dựa vào dữ liệu hóa đơn, bản thể hiện chỉ để xem

Nhiều bạn vẫn quen “có bản thể hiện là yên tâm”. Thực tế, bản thể hiện (tệp xem, ảnh chụp) chỉ là cách xem. Giá trị pháp lý và dữ liệu đối soát thường gắn với XML, mã tra cứu, hoặc trạng thái trên hệ thống cơ quan thuế (CQT) / tổ chức cung cấp dịch vụ (TCCDV) — tùy loại hóa đơn (có mã, không mã, khởi tạo từ máy tính tiền…).

Khung pháp lý nên để cạnh màn hình:

Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 — quản lý thuế, kê khai.
Nghị định 254/2026/NĐ-CP (hiệu lực 01/07/2026) — hóa đơn, chứng từ.
Thông tư 91/2026/TT-BTC (hiệu lực 01/07/2026) — hướng dẫn HĐĐT, xử lý sai sót.

Khi áp dụng vào trường hợp cụ thể, hãy đối chiếu đúng điều khoản trong văn bản gốc.

Kiểm tra MST, trạng thái và khớp chứng từ

Ba lớp kiểm tra thường bỏ sót khi làm dồn cuối tháng:

MST & thông tin người bán – người mua khớp với giao dịch thực tế.
Trạng thái hóa đơn trên hệ thống CQT / kênh tra cứu: hợp lệ, đang xử lý sai sót, không hợp lệ, chưa có dữ liệu…
Khớp chứng từ nội bộ: hợp đồng / đơn hàng / phiếu nhập / biên bản nghiệm thu / chứng từ thanh toán — số tiền, thuế suất, hàng hóa–dịch vụ phải cùng một câu chuyện.

Nếu chỉ một trong ba lớp lệch, hãy đánh dấu chờ thay vì cố nhét vào tờ khai kỳ này.

Hóa đơn đang xử lý sai sót — chưa vội kê

Theo tinh thần TT 91/2026 Điều 10, sai sót HĐĐT thường đi theo nhánh thông báo (mẫu 04/SS-HĐĐT) / điều chỉnh / thay thế — không còn thói quen “hủy rồi xuất lại” như nhiều người vẫn nhớ. Với người mua:

Nếu bên bán đang gửi 04/SS hoặc đang lập hóa đơn điều chỉnh/thay thế, đừng vội khấu trừ trên hóa đơn gốc như thể đã xong việc.
Thống nhất với người bán bằng văn bản khi thuộc diện bắt buộc thỏa thuận.
Chỉ điều chỉnh khấu trừ khi đã có hóa đơn/chứng từ hợp lệ theo nhánh xử lý và đủ điều kiện theo pháp luật thuế GTGT.

Thành thật mà nói: phần lớn rủi ro đầu vào không đến từ “không có hóa đơn”, mà từ kê khai khi trạng thái chưa ổn.

Thời điểm người mua kê khai

Theo hướng dẫn nghiệp vụ gắn NĐ 254 / TT 91 (đối chiếu điều khoản gốc):

Người bán thường kê theo thời điểm lập hóa đơn.
Người mua đưa vào khấu trừ theo thời điểm nhận được hóa đơn hợp lệ (và đủ điều kiện khấu trừ theo luật thuế GTGT).
Với hóa đơn điều chỉnh trong các trường hợp tại khoản 5 Điều 10 TT 91 (ví dụ người mua trả lại hàng): người bán kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh, người mua kê khai vào kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh (Điều 10 khoản 6 điểm d). Với hóa đơn lập sai được điều chỉnh hoặc thay thế, Thông tư 91 không quy định riêng kỳ kê khai của người mua; nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã kê khai bị sai thì khai bổ sung theo Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 Điều 14 khoản 1 điểm đ.

Thực tế SME: nếu bạn nhận XML ngày cuối tháng nhưng trạng thái CQT chỉ ổn định vài ngày sau, hãy ghi nhật ký nội bộ thay vì “cố kéo” vào kỳ cũ khi chưa đủ căn cứ.

Hóa đơn đầu vào từ 05 triệu đồng: chứng từ thanh toán và hợp đồng

Hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 05 triệu đồng trở lên (đã gồm thuế giá trị gia tăng) phải có chứng từ thanh toán phi tiền mặt thì mới được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào; nộp tiền mặt vào tài khoản bên bán không được tính là chứng từ này (Nghị định 181/2025/NĐ-CP Điều 26). Mua của cùng một người bán nhiều lần trong một ngày, mỗi lần dưới 05 triệu đồng nhưng tổng từ 05 triệu đồng trở lên, cũng cần chứng từ thanh toán phi tiền mặt (Điều 26 khoản 3). Với chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp, mốc cũng là 05 triệu đồng mỗi lần (Nghị định 320/2025/NĐ-CP Điều 9 khoản 1 điểm c).

Mốc 05 triệu đồng là mốc về chứng từ thanh toán, không phải mốc bắt buộc có hợp đồng. Theo Bộ luật Dân sự 2015, hợp đồng có thể giao kết bằng lời nói, bằng văn bản hoặc bằng hành vi cụ thể; hợp đồng bằng lời nói có hiệu lực từ lúc các bên thỏa thuận xong nội dung. Chỉ khi luật quy định riêng cho loại hợp đồng đó thì mới bắt buộc lập văn bản, công chứng, chứng thực (Điều 117 khoản 2, Điều 119, Điều 400, Điều 401).

Về thuế, hợp đồng bằng văn bản bắt buộc ở một số cách thanh toán đặc thù (Nghị định 181/2025 Điều 26 khoản 2):

bù trừ qua vay, mượn tiền hoặc cấn trừ công nợ qua bên thứ ba;
ủy quyền thanh toán qua bên thứ ba;
thanh toán bằng cổ phiếu, trái phiếu;
mua trả chậm, trả góp từ 05 triệu đồng trở lên (điểm g, sửa bởi Nghị định 144/2026/NĐ-CP Điều 4).

Thanh toán bù trừ giữa hàng mua và hàng bán thì cách thanh toán phải ghi trong hợp đồng và có biên bản đối chiếu, xác nhận giữa hai bên.

Ví dụ: Công ty B mua văn phòng phẩm 7,7 triệu đồng (đã gồm thuế giá trị gia tăng); hai bên chỉ thỏa thuận qua điện thoại, người bán giao hàng kèm hóa đơn. Giao dịch này không bắt buộc hợp đồng bằng văn bản, nhưng công ty B phải chuyển khoản trả tiền (có chứng từ thanh toán phi tiền mặt) thì mới được khấu trừ thuế đầu vào và tính vào chi phí được trừ. Nếu mua trả góp khoản này thì cần thêm hợp đồng bằng văn bản.

Đầu vào nông sản / bảng kê (ngắn — chi tiết ở bài sau)

Nếu bạn mua hàng từ hộ nông dân nhỏ lẻ, đôi khi không có HĐĐT đầy đủ như giao dịch thương mại thông thường. Đây là nhóm đau riêng — cần quy trình bảng kê mua nông sản và điều kiện riêng theo pháp luật thuế, không gộp với danh mục kiểm tra SME mua hàng có hóa đơn đầy đủ.

Bài này chỉ nhắc: đừng ép mọi chứng từ nông sản vào cùng một cột khấu trừ GTGT từ HĐĐT. Chi tiết quy trình bảng kê sẽ có ở bài riêng trên pinance.vn.

Vai trò Pinance ở đầu vào: sổ mua vào + nhãn rủi ro

Ở bài này bạn đang ở vai người mua. Pinance hỗ trợ bạn:

Gom sổ mua vào từ XML / đồng bộ / nhập liệu có kiểm soát.
Gắn chứng từ nội bộ (đơn hàng, phiếu nhập, công nợ).
Đặt nhãn / ghi chú rủi ro (thủ công hoặc trường ghi chú): thiếu XML, lệch MST, trạng thái đang xử lý sai sót, chưa khớp CQT, chờ thay thế….
Đối soát trước khi lập tờ khai — vẫn do doanh nghiệp / hộ kinh doanh chịu trách nhiệm kê khai.

Không có phần mềm nào cam kết “không bị phạt”. Phần mềm tốt chỉ giúp bạn thấy sớm chỗ cần dừng lại.

Danh mục kiểm tra 7 bước trước khi đưa hóa đơn đầu vào vào khấu trừ GTGT

Tiếp nhận đủ dữ liệu gốc — ưu tiên XML (hoặc dữ liệu điện tử tương đương), không chỉ bản thể hiện/ảnh; lưu kèm mã tra cứu / QR nếu có.
Đối chiếu MST & thông tin người bán – người mua với giao dịch thực tế; nghi ngờ thì tạm dừng khấu trừ.
Tra cứu trạng thái trên hệ thống CQT / TCCDV — chỉ đưa vào nhóm “đủ điều kiện xem xét khấu trừ” khi trạng thái ổn định theo loại hóa đơn.
Khớp hàng hóa–dịch vụ, số tiền, thuế suất với hợp đồng / phiếu nhập / chứng từ thanh toán; hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán phi tiền mặt (xem mục hóa đơn đầu vào từ 05 triệu đồng); ghi chú chênh lệch (nếu có).
Loại trừ hóa đơn đang xử lý sai sót (04/SS, điều chỉnh, thay thế chưa hoàn tất) khỏi kỳ kê khai hiện tại; mở phiếu theo dõi với người bán.
Xác định đúng kỳ kê khai của người mua theo thời điểm nhận hóa đơn hợp lệ; tách riêng nhóm nông sản/bảng kê nếu thuộc diện đó.
Ghi sổ mua vào + gắn nhãn/ghi chú rủi ro (Pinance hoặc sổ nội bộ) rồi mới tổng hợp vào tờ khai; giữ nhật ký giải trình khi có chênh với dữ liệu CQT. Không mặc định có cờ MST NCC tự động.

Việc tiếp theo

Trước mỗi kỳ kê khai, dành 30–60 phút chạy đúng 7 bước trên toàn bộ hóa đơn đầu vào “ứng viên khấu trừ”. Nếu đang dùng Pinance, hãy lọc theo nhãn/ghi chú rủi ro (hoặc cột tương đương trên sổ) trước — đừng bắt đầu từ tổng tiền thuế.

Cần phát hành đầu ra hay quản trị đầu vào–đối soát–sổ mua vào? Pinance bao quát cả hai. Phần Pinvoice vẫn hữu ích nếu bạn chỉ muốn tách luồng xuất. Làm đúng việc trước — giúp trước, bán sau.

Bài liên quan

Nguồn

Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.
Nghị định 254/2026/NĐ-CP (ban hành 30/06/2026, hiệu lực 01/07/2026).
Thông tư 91/2026/TT-BTC (ban hành 30/06/2026, hiệu lực 01/07/2026), đặc biệt Điều 10 (xử lý sai sót HĐĐT).
Nghị định 181/2025/NĐ-CP Điều 26 (chứng từ thanh toán, sửa điểm g khoản 2 bởi Nghị định 144/2026/NĐ-CP); Nghị định 320/2025/NĐ-CP Điều 9 khoản 1 điểm c.
Bộ luật Dân sự số 91/2015/QH13 (hiệu lực 01/01/2017), Điều 117, 119, 400, 401.

Blog