Bị truy thu sau thanh tra thuế: khiếu nại hay khởi kiện?

Cập nhật ngày 08/10/2026.

Không đồng ý quyết định truy thu, xử phạt sau thanh tra thuế: doanh nghiệp có thể khiếu nại hoặc khởi kiện. Dưới đây là thời hạn từng đường, nghĩa vụ nộp trong lúc chờ và khi nào được tạm dừng thi hành.

Trả lời ngắn: không đồng ý với quyết định truy thu sau thanh tra, doanh nghiệp có hai đường: khiếu nại đến người ra quyết định trong 90 ngày, hoặc khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án trong 01 năm (Điều 7, Điều 9 Luật Khiếu nại 02/2011/QH13; Điều 116 Luật Tố tụng hành chính 93/2015/QH13). Đi đường nào thì trong thời gian giải quyết vẫn phải nộp đủ thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, trừ khi cơ quan có thẩm quyền ra quyết định tạm đình chỉ. Không nộp thì tiền chậm nộp 0,03%/ngày tiếp tục tính.

Sản phẩm: Pinance giúp phát hành và quản lý hóa đơn điện tử, lưu hóa đơn đầu ra và đầu vào theo từng kỳ. Khi cần lập hồ sơ khiếu nại hoặc giải trình cho một kỳ đã thanh tra, kế toán có sẵn hóa đơn của kỳ đó để đối chiếu.

Nữ nhân viên văn phòng mặc vest xanh đen bình tĩnh ghi chép trên giấy, bên cạnh có cốc và chậu cây xanh, minh họa bài bị truy thu sau thanh tra thuế: khiếu nại hay khởi kiện

Hai đường: khiếu nại hay khởi kiện

Điều 7 Luật Khiếu nại 02/2011/QH13 cho phép khiếu nại lần đầu đến người ra quyết định, hoặc khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án. Không đồng ý với kết quả giải quyết lần đầu thì khiếu nại lần hai hoặc khởi kiện.

Với thanh tra thuế, đối tượng thanh tra khiếu nại quyết định xử lý sau thanh tra (quyết định truy thu, quyết định xử phạt) theo pháp luật khiếu nại. Trong khi chờ giải quyết khiếu nại, vẫn phải thực hiện các quyết định đó (điểm b khoản 1 Điều 118 Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14). Từ 01/07/2026, Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 dẫn chiếu tương tự: khiếu nại theo pháp luật khiếu nại (Điều 41), khởi kiện theo pháp luật tố tụng hành chính (Điều 43).

Với nội dung kết luận thanh tra, từ 01/07/2025 đối tượng thanh tra có quyền kiến nghị khi cho rằng nội dung đó chưa chính xác; quyền khiếu nại áp dụng cho quyết định xử lý về thanh tra (điểm b khoản 1 Điều 50, điểm b khoản 1 Điều 51 Luật Thanh tra 84/2025/QH15). Từ 01/07/2026, trường hợp cơ quan thanh tra trực tiếp thanh tra người nộp thuế và kết luận về nghĩa vụ thuế, người nộp thuế không đồng ý có quyền khiếu nại kết luận, quyết định của cơ quan thanh tra (điểm b khoản 10 Điều 39 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15).

	Khiếu nại	Khởi kiện vụ án hành chính
Gửi đến	Người ra quyết định (lần đầu)	Tòa án
Thời hiệu	90 ngày kể từ ngày nhận được hoặc biết được quyết định	01 năm kể từ ngày nhận được hoặc biết được quyết định; nếu đã khiếu nại, 01 năm kể từ ngày nhận quyết định giải quyết khiếu nại hoặc từ ngày hết hạn giải quyết mà không được giải quyết
Thời hạn giải quyết	Lần đầu tối đa 30 ngày kể từ ngày thụ lý; trường hợp phức tạp tối đa 45 ngày	Theo thủ tục tố tụng hành chính
Bước tiếp theo	Khiếu nại lần hai trong 30 ngày, hoặc khởi kiện	Sau bản án sơ thẩm, kháng cáo trong 15 ngày kể từ ngày tuyên án
Nghĩa vụ nộp trong lúc chờ	Vẫn phải nộp đủ, trừ khi có quyết định tạm đình chỉ

Nếu vừa nộp đơn khởi kiện vừa nộp đơn khiếu nại, Tòa án sẽ yêu cầu người khởi kiện chọn một cơ quan giải quyết (Điều 33 Luật Tố tụng hành chính 93/2015/QH13). Từ 01/07/2026, khi nội dung đang khiếu nại đã được Tòa án thụ lý hoặc đã được giải quyết bằng bản án, quyết định của Tòa án, người có thẩm quyền đình chỉ giải quyết khiếu nại (điểm d khoản 2 Điều 11a Luật Khiếu nại, bổ sung bởi Luật 136/2025/QH15). Đình chỉ giải quyết khiếu nại khác với tạm đình chỉ thi hành quyết định ở mục dưới và không làm dừng nghĩa vụ nộp.

Các mốc thời hạn cần ghi lại

90 ngày khiếu nại (Điều 9 Luật Khiếu nại): tính từ ngày nhận được hoặc biết được quyết định. Thời gian ốm đau, thiên tai, đi công tác xa hoặc trở ngại khách quan khác không tính vào thời hiệu. Luật 136/2025/QH15 không sửa Điều 9, nên mốc này giữ nguyên từ 01/07/2026.
30 ngày, tối đa 45 ngày (Điều 28 Luật Khiếu nại): thời hạn giải quyết khiếu nại lần đầu, kể từ ngày thụ lý (vùng sâu, vùng xa: 45 ngày, tối đa 60 ngày).
30 ngày khiếu nại lần hai (khoản 1 Điều 33 Luật Khiếu nại): kể từ ngày hết hạn giải quyết hoặc ngày nhận quyết định giải quyết lần đầu (vùng sâu, vùng xa: tối đa 45 ngày). Từ 01/07/2026, các mốc này giữ nguyên; đơn khiếu nại lần hai gửi kèm quyết định giải quyết lần đầu (nếu có) và tài liệu liên quan (khoản 1 Điều 33 sửa bởi Luật 136/2025/QH15).
01 năm khởi kiện (điểm a khoản 2 và khoản 3 Điều 116 Luật Tố tụng hành chính).
15 ngày kháng cáo (Điều 206 Luật Tố tụng hành chính): kể từ ngày tuyên án sơ thẩm; vắng mặt có lý do chính đáng thì tính từ ngày nhận hoặc ngày niêm yết bản án. Đây là thời hạn kháng cáo, không phải thời hiệu khởi kiện.

Thời hạn tính từ ngày nhận được quyết định, vì vậy nên lưu lại bằng chứng ngày nhận, như dấu công văn đến hoặc biên bản giao nhận.

Trong lúc chờ: vẫn phải nộp, tiền chậm nộp vẫn tính

Nộp đơn khiếu nại hay khởi kiện đều không tự làm dừng nghĩa vụ nộp. Trong thời gian giải quyết, người nộp thuế vẫn phải nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt theo quyết định, trừ trường hợp cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định tạm đình chỉ:

Đến hết 30/06/2026: khoản 1 Điều 61 Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14.
Từ 01/07/2026: đoạn 2 điểm b khoản 1 Điều 14 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15. Không đồng ý với số thuế ấn định thì vẫn phải nộp, đồng thời có quyền khiếu nại, khởi kiện (điểm o khoản 2 Điều 37).

Không nộp thì tiền chậm nộp 0,03%/ngày tiếp tục tính trên số thuế thanh tra phát hiện khai thiếu (điểm b khoản 1, điểm a khoản 2 Điều 59 Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14; điểm c khoản 1, điểm a khoản 2 Điều 16 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15).

Đến hết 30/06/2026, khi quyết định giải quyết khiếu nại hoặc bản án xác định số đã nộp nhiều hơn số phải nộp, doanh nghiệp được hoàn số nộp thừa và có quyền yêu cầu trả tiền lãi 0,03%/ngày (khoản 2 Điều 61 Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14). Từ 01/07/2026, Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 chỉ quy định cơ quan thuế phải hoàn số tiền thu không đúng trong 15 ngày kể từ ngày nhận quyết định xử lý (khoản 2 Điều 42) và không còn quy định trả lãi; Nghị định 252/2026/NĐ-CP cũng không quy định. Doanh nghiệp bị thiệt hại do quyết định truy thu trái pháp luật có thể yêu cầu bồi thường theo Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước (điểm n khoản 1 Điều 37 Luật 108/2025/QH15).

Muốn tạm dừng thi hành: phải có quyết định tạm đình chỉ

Khi khiếu nại: nếu xét thấy việc thi hành quyết định bị khiếu nại sẽ gây hậu quả khó khắc phục, người giải quyết khiếu nại phải ra quyết định tạm đình chỉ. Thời hạn tạm đình chỉ không vượt quá thời gian còn lại của thời hạn giải quyết (Điều 35 Luật Khiếu nại). Tạm đình chỉ chỉ có khi người giải quyết xét thấy đủ điều đó, không phải hệ quả đương nhiên của việc khiếu nại. Luật 136/2025/QH15 không sửa Điều 35.
Khi đã khởi kiện: đương sự có thể yêu cầu Tòa án áp dụng biện pháp khẩn cấp tạm thời, tạm đình chỉ thi hành quyết định hành chính, nếu có căn cứ cho rằng việc thi hành sẽ dẫn đến hậu quả nghiêm trọng không thể khắc phục. Thẩm phán hoặc Hội đồng xét xử quyết định (Điều 66, 67, khoản 1 Điều 68, Điều 69 Luật Tố tụng hành chính).

Tòa án nào xét xử

Từ 01/07/2025, Tòa án nhân dân khu vực xét xử sơ thẩm khiếu kiện quyết định hành chính của cơ quan nhà nước cấp tỉnh trở xuống, và của Bộ, cơ quan thuộc Bộ, theo nơi người khởi kiện có trụ sở như quy định tại Điều 31 (Luật 85/2025/QH15 sửa Điều 31 và bổ sung Điều 31a Luật Tố tụng hành chính). Tòa án nhân dân khu vực được lập theo Luật 81/2025/QH15, sửa Điều 4 Luật Tổ chức Tòa án nhân dân 34/2024/QH15. Cả hai luật sửa đổi có hiệu lực từ 01/07/2025.

Trước 01/07/2025, khiếu kiện quyết định của cơ quan nhà nước cấp tỉnh hoặc cơ quan thuộc Bộ thuộc thẩm quyền Tòa án cấp tỉnh (Điều 32 Luật Tố tụng hành chính bản gốc).

Quyết định trước 01/07/2026 theo luật nào

Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 có hiệu lực từ 01/07/2026. Khoản 3 Điều 53 chỉ nói các cuộc kiểm tra có quyết định trước ngày này mà chưa có kết luận thì tiếp tục làm theo Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14; điều này không nhắc riêng đến thanh tra.

Với quyết định truy thu, xử phạt sau thanh tra đã ban hành trước 01/07/2026, nội dung truy thu được xét theo Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14; phần xử phạt áp dụng Nghị định 125/2020/NĐ-CP theo văn bản có hiệu lực tại thời điểm thực hiện hành vi vi phạm. Đây là cách đọc theo nguyên tắc áp dụng văn bản theo thời điểm, không phải câu chữ của Điều 53. Riêng tiền thuế nợ đến hết 30/06/2026 được xử lý theo Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 (khoản 2 Điều 53).

Việc kế toán nên làm khi nhận quyết định truy thu

Ghi ngày nhận quyết định và lưu bằng chứng ngày nhận. Tính ngay hai mốc: 90 ngày khiếu nại và 01 năm khởi kiện.
Nộp đủ số tiền theo quyết định, hoặc chuẩn bị nguồn tiền, vì tiền chậm nộp 0,03%/ngày vẫn tính trong lúc chờ.
Nếu việc thi hành có thể gây hậu quả khó khắc phục, gửi đề nghị tạm đình chỉ kèm lý do cụ thể. Không coi việc nộp đơn là đã được tạm dừng.
Chọn một đường giải quyết; nếu đã khởi kiện thì không đồng thời khiếu nại cùng nội dung.
Gom hồ sơ cho từng nội dung bị truy thu: hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán, bảng tính. Hai nội dung có bài riêng: Bán hàng cho công ty con: trần lãi vay 30% áp dụng thế nào; Bên bán bỏ địa chỉ: hóa đơn đầu vào khi nào không hợp pháp.
Theo dõi mốc trả lời của cơ quan thuế: quá 30 ngày (tối đa 45 ngày) kể từ ngày thụ lý mà chưa có quyết định giải quyết thì đến lượt các mốc khiếu nại lần hai và khởi kiện.

Nếu dùng Pinance, hóa đơn đầu ra và đầu vào được lưu theo kỳ, giúp kế toán gom nhanh phần hóa đơn của hồ sơ.

Bài liên quan

Căn cứ pháp lý

Luật Khiếu nại 02/2011/QH13 Điều 7, Điều 9, Điều 28, Điều 33, Điều 35 (bản hợp nhất 28/VBHN-VPQH ngày 13/03/2026).
Luật 136/2025/QH15 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Tiếp công dân, Luật Khiếu nại, Luật Tố cáo: khoản 4 Điều 2 (bổ sung Điều 11a Luật Khiếu nại), khoản 12 Điều 2 (sửa khoản 1 Điều 33 Luật Khiếu nại) (hiệu lực 01/07/2026).
Luật Tố tụng hành chính 93/2015/QH13 Điều 31, 31a, 32, 33, 66–69, 116, 206 (bản hợp nhất 13/VBHN-VPQH ngày 06/02/2026).
Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 Điều 59, Điều 61, điểm b khoản 1 Điều 118 (áp dụng đến hết 30/06/2026).
Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 điểm b khoản 1 Điều 14; Điều 16; điểm n khoản 1, điểm o khoản 2 Điều 37; điểm b khoản 10 Điều 39; Điều 41, 42, 43, 53 (hiệu lực 01/07/2026).
Luật Thanh tra 84/2025/QH15 điểm b khoản 1 Điều 50, điểm b khoản 1 Điều 51 (hiệu lực 01/07/2025).
Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước 10/2017/QH14.
Luật 85/2025/QH15 khoản 3, khoản 4 Điều 2 (hiệu lực 01/07/2025).
Luật 81/2025/QH15 khoản 1 Điều 1 (hiệu lực 01/07/2025).
Luật Tổ chức Tòa án nhân dân 34/2024/QH15 Điều 4.
Nghị định 125/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn.